سده بعد مطالعه رياضيات در مدرسه دچار ركود و زوال شد . در حوزه طب و داروشناسى ( عطارى ) نيز اين دوره دچار انحطاط نشد و شخصيتهاى برجسته‌اى همچون بهاء الدوله را بارآورد كه تا حدودى يادآور عصر زرين داروشناسى بود « 1 » . حوزه تصوف تا حدودى متفاوت و بغرنج‌تر بود . تصوف در اوايل دوره صفوى به لحاظ روحانى و حتى سياسى شكوفا شد تا اينكه بر اثر خطر قيام قزلباشان و در مقابل بعضى از گرايشهاى دنياپرستانه در درون تعدادى از طرائق تصوف كه صاحب قدرت دنيوى بودند ، نوعى واكنش مذهبى و كلامى بوقوع پيوست كه بهترين نمونه آن شخصيتى همچون مجلسى دوم بود . ليكن شمارى از متكلمان علماى نخستين مذهبى نظير مجلسى اول و شيخ بهائى يا صوفى بودند و يا اينكه تعلق خاطرى به تصوف داشتند . به‌علاوه ، به همين دليل و نه برغم توسعه معارف مذهبى شيعه ، نوع جديدى از علوم متافيزيك و حكمت چهره نمود كه در ارتباط با ميرداماد و ملاصدرا بود . اين نوع از انديشه و تفكر بدون وجود فضاى شيعى دوره صفوى غيرقابل تصور و تحقق بود . با اينكه علماى شيعه در اواخر دوره صفوى با متصوفه به مخالفت برخاستند ، ولى تعليمات عرفان همچنان ادامه يافت و در خود نظام مدرسه‌اى سنتى شيعه كه تا به روزگار ما پيگيرى شده است ، به بحث‌وفحص گرفته شد . آنهايى كه حتى در ايران امروز چيزى درباره فلسفه اسلامى و يا حتى درباره « الهيات ارسطو » و چيزهايى از افلاطون مىدانند ، متوجه هستند كه اين حوزه از معارف در اختيار علماى مذهبى ايران است ؛ در اين دوره « متفكر آزادانديشى » نمىتوان يافت كه حكيم بوده باشد و الهيات شيعى را نداند . ترديدى نيست كه استقرار مراكز معارف مذهبى بوسيله صفويان و تأكيد بر معارف شرعى و كلامى ، توانائى اهل فكر و انديشه را در اين حوزه‌ها به كار انداخت و فعاليت در زمينه‌هاى ديگر را بطور غيرمستقيم كاهش داد . معهذا اين قضيه نه‌تنها موجب افساد و زوال علوم فكرى نشد ، بلكه عاملى عمده براى زمينه‌سازى يكپارچگى وسيع ماوراء الطبيعه‌اى بود كه دوره صفوى بدان شهرت دارد . تصوف در دورهء صفوى طريقت‌هاى عمده تصوف سده نهم / پانزدهم مثل نوربخشى ، نعمت الهى و قادرى ، البته نه خود صفوى ، در دوران صفوى ادامه يافت و در سده يازدهم / هفدهم شكوفا شد . طبيعتا اكثر اين

--> ( 1 ) - الگود ، فصل 13 .